Genetisk snøballkrig

Når statistiker-kollega Christian Page har snøballkrig, viser vottene hans hva doktorgraden hans handler om. 

Christian Page forbereder seg på kald krig. Foto: Lene M. Linnerud.

I komplekse sykdommer som for eksempel Type 2-diabetes eller Multippel Sklerose (MS) kan både miljø og genetiske faktorer påvirke sykdomsrisikoen.

Genetiske faktorer er to ting. Det ene er arvematerialet i kroppen: Det som vi er født med og som ikke forandres gjennom livet. Arvemateralet finner vi som bunter med DNA-tråder inne i hver eneste celle i kroppen. Hvis vi klipper opp disse trådene i små biter på riktig måte, finner vi genene. Genene sørger for at hver enkelt celle produserer de proteinene vi trenger for å holde oss i live og dessuten holde oss friske.

Men genetiske faktorer handler også om hvor aktive genene våre er til enhver tid, altså hvor mye proteiner de produserer. Selv om genene ikke forandrer seg, kan aktiviteten til genene påvirkes av det livet vi lever, og dette forandrer seg gjennom hele livet. Utrolig nok har forskere funnet ut måter å måle hvor mye genene og aktiviteten deres er påvirket. En måte er å se på noe som kalles metylering. DNA-metylering er at molekyler fester seg på DNA-et. Det relativt nye fagfeltet innen genetikk der man studerer metylering, kalles epigenetikk.

DNA på vottene. Foto: Lene M Linnerud
DNA på Wikipedia. Man må forstå mer kjemi enn statistrikkebloggeren for å kunne forstå dette godt, men det bildet skal vise, er to molekyler som hekter seg fast i DNA-et (metylerer DNA-et) i så stor grad at aktiviteten til genene blir hemmet av det. Foto: Christoph Bock, Max Planck Institute for Informatics – Own work, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=17066877

Det byr på utfordringer å identifisere de underliggende genetiske og epigenetiske faktorene for sykdommer, og det forgår mye forskning på dette. Christians doktorgradsarbeid er ett av disse forskningsprosjektene.

Sammen med veiledere og samarbeidspartnerne har han utviklet, undersøkt og testet ulike metoder for å måle, identifisere og slå sammen viktige genetiske markører i komplekse sykdommer.

Da Christian forsvarte avhandlingen sin i høst, fikk han ikke bare de sedvanlige vanskelige spørsmålene fra bedømmelseskomiteen (som han besvarte på aller beste måte), men han fikk også et par stilige DNA-votter av sin kollega Elisabeth Celius.

Foto: Lene M Linnerud

Hvis du er oppvokst med ullvotter, vet du både hvor gode og varme de er, og hvor klønete de er å bruke i snøballkamp. Snøen fester seg i ulltrådene, vottene som skulle produsert snøballer blir fulle av snøklumper, og snøballproduksjonen er en saga blott. Booom! Du taper.

Nøyaktig sånn er det i kroppen også: Molekyler fester seg i DNA-trådene, genene som skulle produsert proteiner blir fulle av metyleringsklumper, og proteinproduksjonen er en saga blott. Booom! Du taper!

Forskjellen er at denne kampen er viktigere enn barndommens snøballkrig. Produksjon av proteiner er mye mer delikat og kompleks, og det er mye vanskeligere å identifisere under hvilke forhold det går skeis. Det er da vi heier på Christian og gjengen hans.

Christian Page. Foto: Lene M Linnerud

Den som har en viss genetisk kompetanse vil ha nytte av den delen av Christians sammendrag som jeg har sitert etter streken. Vi andre kan prise oss lykkelige over all forskningen på feltet.

Til syvende og sist er det helsa vår det dreier seg om. At du og jeg og dem vi er glad i skal kunne leve gode liv uten sykdom.


Christian skriver:
Først prøvde vi å identifisere Multiple skleroses (MS) spesifikke biomarkører i DNA metylerings profilen til immunceller (CD4+ og CD8+ T celler), som så kunne brukes som biomarkører fra blod.

Da vi sammenlignet DNA metylerings profilene mellom MS pasienter og friske kontroller, observerte vi at CD8+ T cellene hadde en høyere grad av metylering hos MS pasientene.

Da vi jobbet med dette prosjektet så vi at gode verktøy for å identifisere regioner som er differensielt metylert manglet. Derfor utviklet vi en ny metode (DMRScan) som kan effektivt identifisere regioner uten å rapportere for mange falske positive funn.

Simuleringer viser at vår metode i tillegg har bedre styrke enn eksisterende metoder. Vi implementerte metoden i det populære beregningsverktøyet R.

Les mer om Christians forskning her.

(Christian kommenterte i dag per telefon fra Sognsvannsbanen:
-Dette er riktig nok. Den eneste innvendingen er at metylering ikke alltid er negativt, og det kommer ikke frem her.
Glimrende, tenker jeg. Det skriver vi om i et annet innlegg. Dere skal få beskjed.)

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *